Hola, Inma!
Probablemente eso sea porque usas Split Groups, de forma que te separa en una subtool cada poligrupo. Para separar un elemento que hayas añadido por ejemplo mediante un pincel IMM Brush o un InsertMesh Brush lo más inmediato es utilizar “Split Unmasked Points”. Al añadir un objeto mediante Insert, el resto del modelo se enmascara temporalmente. Puedes realizar las modificaciones que quieras y, antes de desenmascarar, utilizar “Split Unmasked Points”. De esta forma, el objeto insertado pasa a una nueva subtool.
Si ya has retirado la máscara, no tienes más que recuperarla (enmascarar todo menos lo que quieres separar) y aplicar el mismo Split. Este procedimiento te sirve para cualquier situación en la que sólo quieres separar una parte del modelo, independientemente de los poligrupos.